En 1187, le roi Sanche VI de Navarre, dit « le Sage », octroie le For (Fuero) accordé un siècle auparavant au bourg de Saint-Martin, en donnant l’ordre de fonder le bourg de Saint-Jean, et d’entreprendre, à la fin du xii^e siècle, la construction de cette église sur une treille du roi. Cette nouvelle communauté commence alors à se regrouper autour de l’église et du nouveau marché qui se déroulait tous les jeudis sur sa place.

Le temple fut démoli et restauré à plusieurs reprises jusqu’au début du xx^e siècle. L’église conserve son plan d’origine de style roman avec trois nefs et deux façades médiévales simples de chaque côté, l’une romane et l’autre gothique. Les nefs latérales présentent des voûtes sur croisées d’ogives, de style gothique (xiv^e siècle) ; la nef centrale, une voûte en berceau à lunettes, soutenue par de gros piliers à chapiteaux ioniques. Le chevet de structure polygonale, de même que la sacristie et le jubé qui se dresse à ses pieds, sont le fruit des travaux accomplis tout au long du xvi^e siècle suite à l’effondrement partiel du temple médiéval.

Durant le Noël de 1846, sa belle tour-clocher en pierre s’effondra, elle abritait la plus grande cloche du ban (« bancloque ») de Navarre. Son effondrement détruisit une partie de la nef centrale et de sa façade. La reconstruction des parties effondrées que l’on peut aujourd’hui admirer, fut entreprise en 1849 dans un style néo-classique, conformément au projet réalisé par l’architecte local, Anselmo Vicuña. Les travaux furent interrompus à plusieurs reprises par faute de moyens financiers, et achevés en 1902 sous la direction de l’architecte de Pampelune, Florencio Ansoleaga.

Ses murs renferment un magnifique retable principal, une pièce caractéristique de la renaissance Navarre, de style romaniste, réalisé en 1563 par les sculpteurs Pierre Picart et « fray Juan » Beauves.