1187an, Antso VI.a Jakituna erregeak mende bat lehenago San Martin burgura emandako Forua hedatu eta San Joan burgua sortu zuen. Bertan XII. mendearen bukaeran, eliza eraikitzen hasi ziren, erregeren ardantze baten gainean, hain zuzen. Auzo berria elizaren eta merkatu berriaren inguruan bildu zen, eta elizaren aurrean, hain justu, ortzegunero, gaur egun oraino bizirik irauten duen merkatua izaten zen.

Elizak erortze eta zaharberritze ugari jasan zituen XX. mendearen hasiera arte. Eraikinak jatorrizko oinplano erromanikoa gordetzen du, hiru nabekoa eta Erdi Aroko bi portada xume alboetan, bata erromanikoa eta bertzea gotikoa. Alboetako nabeek gurutzeria gotikoko (XIV. m.) gangak dituzte; erdikoak, kanoi-ganga lunetekin, kapitel jonikoak dituzten zutabe lodiek eutsita. Egitura poligonaleko estruktura, sakristia eta oinetan altxatzen den korua, XVI. mendean zehar eginiko lanak dira, Erdi Aroko tenplua zati batean erori ondoren.

1846ko Eguberrietan harrizko kanpandorre liraina eraitsi zen, Nafarroako bando-kanpainarik handiena zuena. Erortzean erdiko nabearen zati bat eta fatxada suntsitu zituen. 1849an, Anselmo Vicuña arkitekto lizarratarrak egindako proiektuari jarraikiz, hondaturiko zatiak berreraikitzen hasi ziren estilo neoklasikoan, eta halaxe ikusten ditugu gaur egun. Nolanahi ere, diru faltagatik, obrak zenbaitetan eten egin ziren, eta 1902an akitu ziren, Florencio Ansoleaga arkitekto iruindarraren zuzendaritzapean.

Barnealdean erretaula nagusia nabarmentzen da, Nafarroako errenazimentuaren pieza esanguratsua, erromanista estilokoa, 1563an Pierres Picart eta Frai Juan Beauves eskultoreek eginikoa.