Se construye en el último cuarto del siglo XII, en un románico tardío, en pleno barrio de los francos, a los pies del castillo Mayor. Aquí juraron los fueros y privilegios de la ciudad los reyes de Navarra Juan y Catalina de Albret y los reyes de España Carlos V y Felipe II. Desde el siglo XV, los mariscales de Navarra y sus sucesores fueron enterrados en el ábside central.

De planta irregular debido a su difícil emplazamiento, está formada por tres naves con una cabecera románica de tres ábsides. Las naves laterales presentan bóvedas de crucería (s. XIV) y la central bóveda de medio cañón con lunetos (s. XVII). La portada tardorrománica (hacia 1230) presenta un arco lobulado de influencia árabe y rica ornamentación. La torre se sitúa a los pies de la nave y le confiere un aspecto de fortaleza. La escalinata de acceso, construida en 1966, es obra del arquitecto Francisco Pons-Sorolla.

El claustro (finales s. XII) posee un rico conjunto escultórico del románico navarro. Conserva solo las crujías norte y oeste, ya que las otras dos se destruyeron en 1572 con la voladura del castillo. Las columnas pareadas presentan capiteles historiados, motivos vegetales y seres fantásticos. Al igual que en el claustro de Santo Domingo de Silos, presenta un capitel apoyado en cuatro columnas torsas que se entrelazan.

En el interior destaca la capilla de San Andrés (ss. XVI-XVII), patrón de la ciudad, levantada en 1596 sobre una de origen medieval. En ella se guarda la reliquia del apóstol San Andrés que, según la tradición, llegó a la ciudad de manos del obispo de Patrás en 1270.

Entre las imágenes que se conservan, destacan dos tallas románicas de un Crucificado y la Virgen de Belén (s. XIII), un Cristo gótico (s. XIV) y una talla barroca de San Pedro (1687).
Fue restaurada entre los años 2009 y 2012.