Sur le terrain où se situe l’église se trouvait le quartier juif d’Elgacena et à l’emplacement même de l’église il y avait une synagogue.

Les premières notions qui ont été faites des juifs dans la localité apparaissent dans le Fuero d’Estella entre 1076 et 1090. Ils s’unirent dans le quartier d’Elgacena. Cependant, pour des raisons inconnues, cette communauté se déplaça à l’autre côté de la colline ; c’est pourquoi en 1135 le roi García le Restaurateur donna Elgacena aux barons de la ville et en 1145 il donna la synagogue à l’évêque de Pampelune pour qu’il bâtisse une église consacrée à la sainte Marie et à tous les saints. Il s’agit de l’église actuellement connue comme Santa María Jus Del Castillo (« sous le château »).

Dans cette zone on réalisa entre 1999 et 2003 diverses fouilles archéologiques, grâce auxquelles on localisa des restes de logements réalisé avec un coffrage en mortier et en pierre. Sous l’église de Santa María Jus Del Castillo apparurent des restes d’un édifice antérieur et un réservoir de liquides qui pourraient avoir appartenu à l’ancienne synagogue d’Elgacena.

L’église actuelle à une nef, est de style roman et fut réalisée entre la fin du xii^e siècle et le début du xiii^e siècle. À l’extérieur, on remarque l’abside et les modillons richement décorés. Le portail d’origine fut remplacé vers le milieu du xviii^e siècle par l’actuel, de style baroque comme la tour de brique. Jusqu’au xx^e siècle il y avait des sacristies de la Renaissance et de style baroque qui n’existent plus de nos jours.