Eliza hau dagoen eremuan, Elgacena izeneko juduen auzoa kokatzen zen, eta sinagoga bat zegoen solairuaren gainean eraiki zen.

Juduei buruz herrian egiten diren lehenbiziko aipamenak Lizarrako Foruan daude, 1076 eta 1090 urteen artekoa. Juduak lehenengo urteetatik hasi ziren biltzen Elgacenan. Hala ere, ezagutzen ez diren arrazoiak direla eta, komunitate hori auzo horretatik lekutu eta muinoaren bertze aldera joan ziren. Horren ondorioz, segurki, 1135ean, errege Gartzia Berrezarleak dohaintzan eman zien Elgacena hiriko baroiei; eta 1145ean, sinagoga Iruñeko apezpikutegiaren esku utzi zuen, eliza bat eraiki zezaten Dona Mariari eta Santu Guztiei eskainia. Eta eliza hori da egungo Santa Maria Jus del Castillo edo Gaztelubarrengo Dona Maria.

Alde honetan, 1999 eta 2003 urteen artean, lan arkeologiko batzuk egin ziren, eta horiei esker, XI. eta XII. mendeetako zenbait etxebizitzaren hondarrak aurkitu ziren, judutegi zaharrekoak zirenak, menturaz.

Eliza honen ondoan, Santa Mariaren atea aurkitu zen, hiria babesten zuen harresiko ateetako bat. Ate horren azpian bertze etxebizitza baten hondarrak aurkitu ziren, kisu-kofratuarekin eta harriekin eginikoa. Gaztelubarrengo Dona Mariaren elizaren azpian, aitzineko eraikin baten hondarrak agertu ziren, baita likidoen depositu bat ere, Elgacenako sinagogarenak omen zirenak.

Gaur egungo eliza, nabe erromaniko bakarrekoa baita, XII. mendearen bukaeraren eta XIII. mendearen hasmentaren artean eraiki zen. Kanpoaldean, bereziki nabarmentzen dira absidea eta ausarki apainduriko harburuak. Jatorrizko aurrealdea egun dagoen barroko estiloko XVIII. mendekoak ordezkatu zuen; adreiluzko dorrea ere barrokoa da. XX. mendera arte, sakristia errenazentista eta barrokoak zituen, baina egun ez da halakorik gelditzen.